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宏基因组与R语言数据分析(7月线上)

宏基因组与R语言数据分析(7月线上)

2020-07-04 09:00 至 2020-07-05 16:00

线上活动  

中科院计算所西部高等技术研究院    

500人

报名截止

推荐会议:CRISPR基因编辑在线培训+云实验学习班

发票类型:增值税普通发票 增值税普通发票

参会凭证:现场凭电话姓名参会 邮件/短信发送参会通知

-会议内容-

“宏基因组与R语言数据分析”在线直播课程的通知


    近年来,随着现代分子生物学的发展,特别是人类基因组计划的实施,不断产生出巨量的分子生物学数据,这些数据有着数量巨大、关系复杂,以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。生物信息学大量的使用计算机技术进行分析工作,这就要求技术人员熟悉多种分析软件的使用方法及其在生物各领域的应用技术。在此次疫情中宏基因组的测序也助力新冠病毒的检测,中科院计算所西部高等技术研究院将在7月4-5举办“宏基因组与R语言数据分析在线直播课”由北京中科云畅应用技术研究院承办,中科院及权威专家主讲,具体通知如下,欢迎广大相关企事业单位科技工作者,核心技术人员踊跃报名参加!

主办单位:中科院计算所西部高等技术研究院

指导单位:中国电子学会(国家专业人员继续教育基地)

承办单位:北京中科云畅应用技术研究院

协办单位:北京中科图云科技有限公司 、北京安控冠博科技有限公司


培训对象:

大中专院校生物信息、生物计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员;科研单位从事生物、生命科学、微生物研究的相关人员;生物、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。


主讲专家:

来自中科院微生物研究所国家重点实验室的高级专家,长期从事生物信息学领域及国家重大项目研究,具有资深的技术底蕴和专业背景。


课 程 特 色

一流的讲师

★依据丰富的项目实践经验,为您讲解在操作过程中常见的错误及解决方案;

全方位课程辅导

★课前: 提供社群辅导;课间: 在直播间为您答疑;课后: 设置专门的操作练习时间并配助教实时答疑;

专属课程福利

★ 赠送操作所需全部代码;

★ 提供1v1远程指导,吃透每一个实操步骤;

-主办方介绍-

中科院计算所西部高等技术研究院

课程内容









(7月4日 上午)


宏基因组学介绍一

 

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微生物实验设计

1.2. 测序量及采样建议

针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程图

数据收集、数据预处理、数据分析

1.4. 结果解析

1.4.1 OTU聚类

1.4.2 物种注释

1.4.3 物种分布情况

1.4.4 样品复杂度分析:α多样性

Coverage   Chao指数   ACE指数

Shannon曲线

Richness rarefaction曲线

1.4.5 多样品比较分析:β多样性

样品间物种丰度热图

排序分析:

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

样品聚类分析

2. DSS (direct shotgun sequencing)法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注释分析

2.3. 代谢途径解析

 


(7月4日  下午)


宏基因组高丰度菌株分析流程介绍

 


1 微生物基因组在线圈图分析

2 代谢通路分析(KEGG & KAAS)

3 病原菌耐药基因鉴定(CARD & Resfinder)

4 细菌基因组岛鉴定 (Islandviewer)

5 进化树软件MEGA使用




(7月5日  上午)


宏转录组学介绍二

 


1 宏转录组学介绍

2 宏转录组学定义

3 宏转录组研究方法

4 宏转录组研究内容

5 宏基因组与宏转录组的差别

 




(7月5日  下午)


   基于ggplot2程序包的R语言绘图




R语言基本介绍

2  R语言基本运算、向量函数

3  R语言数据读入以及导出

ggplot2基本绘图 (条形图、散点图、折线图等)

 


(*实际授课还会增加一些学员报名时反馈的感兴趣内容,希望参会人员可以把自己想了解的内容,报名时一起填写在回执表上。大家在上课期间有什么问题,都可以随时提出,如果有针对性问题可在 课间、课下和老师进行交流;)

-会议门票-

时间:7月4-7月5日(上午9:00-11:00  下午14:00-16:00)


培训费用:RMB:300元/人,(包含报名费、培训费、资料费、)

培训结束经考核合格,可获得由中国电子学会颁发全国电子信息人才能力提升工程专业技术证书, 依据人力资源与社会保障部《国家级专业技术人员继续教育基地管理办法》(人社厅发〔2013〕53 号)的要求,本次学习情况,本次学习情况可计入继续教育学时并作为对专业技术人员考核评价、岗位、职称评聘和执业注册的重要依据。须提交电子版彩色照片,身份证复印件。(证书自愿办理,费用五百元)


优惠政策:先到先学

早鸟价:270/人

★6月7日之前完成报名并缴费,即可享受早鸟价9折;

★转发优惠,转发本文到朋友圈,并带上【注册参会】的文字,朋友圈保留五天以上,即可享受早鸟价;

★6月7日以后:300元/人    以上优惠只能选择其一

会议标签:

R语言 生命科学

温馨提示
酒店与住宿: 异地参会客户请注意,为防止会议临时变动,建议您先与活动家客服确认参会信息,再安排出行与住宿事宜。
退款规则: 活动各项资源需提前采购,购票后不支持退款,可以换人参加。

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