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2019非编码RNA数据挖掘速成班(10月南宁)

2019非编码RNA数据挖掘速成班(10月南宁)

2019-10-26 08:00 至 2019-10-27 18:00

南宁  

小张聊科研   

报名截止

推荐会议:2024(第七届) 世界细胞治疗与再生医学大会暨展览会

发票类型:增值税普通发票 增值税专用发票

-会议内容-

5年前如果你不做mRNA表达谱你就out了,10年前如果你不做miRNA表达谱你就out了,5年前如果你不研究lncRNA表达谱你就out了,最近几年如果你没听说过circRNA你就落伍了。ceRNA又是何物,各种RNA的相互作用网络如何构建?

审时度势,与时俱进,本次培训将带你了解这些研究热点,这些非编码RNA如何产生,如何行使生物学功能,如何相互作用构成生物网络,我们将为你一一道来。


他山之石可以攻玉

同行是如何研究这些热点的,哪些方法可以为我所用。我们将和你分享一些成功案例,梳理研(fa)究(wen)思(tao)路(lu)。


纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行

看着人家发文章似乎很容易,自己做起来却无从下手。本次培训将手把手教你如何从RNAseq数据(mRNA, lncRNA, miRNA)得到差异表达基因,基因功能富集,生存分析,ceRNA网络构建。教你画出火山图,柱状图,聚类图,热图,气泡图,KM生存曲线,ceRNA网络图。

课程亮点

1、展示不做实验纯生信挖掘的paper,阐述非编码RNA发文套路;

2、讲解从mRNA, lncRNA, miRNA数据筛选差异表达基因的方法,直通关键分子;

3、传授非编码RNA靶点的预测方法,构建网络机制;

4、介绍miRNA,circRNA,lncRNA各种数据库、实用工具及其使用方法,充实科研武器库;

5、TCGA数据库提供创新性附加代码,可适用于各种表型分组比较(如肿瘤分期、性别);

6、对代码进行精心改造,可以用于综合性数据库GEO;

6、高效速成,代码“傻瓜式”自动化运行,课后自己修改少量参数便可直接上手,比如这个:

2019非编码RNA数据挖掘速成班(10月南宁)

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2019非编码RNA数据挖掘速成班(10月南宁)

2019非编码RNA数据挖掘速成班(10月南宁)

不仅如此课后,我们还会给大家设置一个配套的线上课程,作为线下课程的补充和拓展。线上课程详细介绍了多种非编码RNA数据库的使用以及如何利用这些数据库构建ceRNA网络,每一节都是干货满满

适合人群

广大临床/科研工作者,研究生,有无生信基础均可参加,有R语言基础者更佳。

-主办方介绍-

小张聊科研

小张聊科研于2019年10月26日举办2019非编码RNA数据挖掘速成班(10月南宁)。

课程表

Day1

8:00-9:00

报道,领取资料

9:00-12:00

背景知识介绍

miRNA,circRNA,lncRNA的产生,作用机制,功能

miRNA,circRNA,lncRNA相关数据库及工具介绍,使用及数据下载

ceRNA案例分享 (包括mRNA-miRNA-lncRNA网络和mRNA-miRNA-circRNA网络)

12:00-13:00

午休

13:00-17:00

R语言简介

R语言概述

R软件及R包安装

R语言语法及数据类型

条件语句

循环

函数

17:00-17:30

学员提问及讨论

Day 2

9:00-12:00

利用TCGA数据构建ceRNA网络(实操,基于R)

TCGA简介及数据下载

寻找差异表达基因

火山图,热图,聚类图,柱状图

差异表达基因GO,KEGG富集分析,气泡图,柱状图,KEGG通路图展示,GO富集环状图

mRNA,lncRNA表达相关性分析,点状图

mRNA, lncRNA,  miRNA网络构建,cytoscape展示,hub基因筛选,ceRNA网络桑基图

12:00-13:00

午休

13:00-17:00

利用GEO数据构建ceRNA网络(实操,基于R)

GEO简介及数据下载

寻找差异表达基因

火山图,热图,聚类图,柱状图

差异表达基因GO,KEGG富集分析,气泡图,柱状图,KEGG通路图展示,GO富集环状图

mRNA,lncRNA表达相关性分析,点状图

mRNA, lncRNA,  miRNA网络构建,cytoscape展示,hub基因筛选,ceRNA网络桑基图

17:00-17:30

学员提问及讨论

 

 

注:

1、实际授课过程中,老师可能根据学员学习速度对课程进行微调。

2、请学员自带电脑,请使用windows系统(请勿使用XP系统,推荐win10)或者mac系统,老师用win10系统进行讲解;电脑配置推荐8G及以上内存,否则部分软件运行可能会卡;想做个生信小能手,8G内存是标配!

3、为了提高学习效率,本次课程会提前发给学员从数据库中下载数据的视频教程,同时也会提供下载好的数据以及相关代码,方便学员提前进行预习。

主讲人

李老师,生物信息学博士,有八年的测序数据分析经验。博士期间参与多个课题项目,涉及机器学习,芯片数据分析,核酸及蛋白序列分析,全基因组甲基化测序数据分析,全转录组测序数据分析,miRNA及靶基因分析,癌症相关基因预测及预后分析等,发表SCI论文32篇,其中一作及并列一作15篇。

工作期间积累了丰富的DNA,甲基化,RNA捕获测序,Amplicon捕获测序实验流程和数据分析经验。具有ctDNA数据分析经验,对变异数据进行注释, 指导临床用药。自行搭建Linux集群,开发测序数据全自动分析平台。

-会议门票-

报名费:

10月18日前

10月19日至25日

现场报名缴费

3200

3400

3700

两人组团报名,每人可优惠100元

三人组团报名,每人可优惠200元

四人及以上组团报名,每人可优惠300元

注:

1、报名费包含一份上面提到的非编码RNA网课,主要介绍非编码RNA常用数据库的使用以及如何构建ceRNA网络,将在课后的那一周开始为大家设置。

2、本次学习班提供两天的午餐,其余食宿费用自理,本次培训班按报名顺序排座位号,建议尽早报名。

会议标签:

非编码RNA 数据挖掘 RNA

温馨提示
酒店与住宿: 异地参会客户请注意,为防止会议临时变动,建议您先与活动家客服确认参会信息,再安排出行与住宿事宜。
退款规则: 活动各项资源需提前采购,购票后不支持退款,可以换人参加。

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