2017基因组、转录组、高通量测序及TCGA数据库分析培训班

-会议内容-

本次培训班 将成熟的分析方法对学员进行传授，同时配以大量的成功实例进行讲解，让学员们领悟到生物数据分析的精髓。上课专家经验丰富，在生物信息学领域有丰富的工作经验。结合具体案例，一切从实际出发。

课程力求"有点有面，实用高效"，理论授课与上机实践有机结合，使学员既能够学会思考和设计科学实验，也能够独立使用生物信息学基本方法和常用工具，力求学有所用，学有所值。

培训内容:

一、基因组学的进展及应用

DNA测序技术-转录组分析的进化

第一代测序技术：Sanger测序原理

第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理

第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理

第四代测序技术: Oxford NanoPore原理

其他技术Hybridization based methods (NabSys)

生物信息学基本技能：

基于virtual box的linux虚拟机的安装及使用（实验）

云服务器登陆及文件传输（实验）

常用LINUX命令（实验）

简单shell脚本的编写（实验）

二、高通量测序应用

基因组测序和组装

第二代测序技术应用

ChIRP-Seq, GRO-Seq, Ribo-Seq)/ARTseq, RIP-Seq, HITS-CLIP,     CLIP-Seq, PAR-CLIP, iCLIP, NET-Seq, TRAP-Seq, CLASH-Seq, PARE-Seq, GMUCT, TIF-Seq, PEAT等方法的原理解析第三代测序的应用植物、动物全基因组测序研究实例

转录组分析

Experimental procedure for transcriptomic analysis

Introduction

Number of duplications, Sequencing coverage

Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)

Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)

IsoSeq Experimental design

    Data analysis （part 1）：data pre-processing

evaluation of data quality 数据分析

Data format，fasta，fastq，quality value，gff3

Data cleanup

Quality filter, trimmer, clipper

    Data analysis （part 2）：reference free analyses，无参转录组分析

Gene discovery

Trinity de novo transcriptome assembly

Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）

Abundance estimation using RSEM

Differential expression analysis using EdgeR

Explore the results (cummerbund)

MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)

hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance,gene         

expression profiles.

Data analysis （part 3）：reference based analyses，有参转录组分析

Gene discovery

Mapping reads to the reference (tophat)

Assemble mapped reads (cufflinks)

Merge sample-specific assemblies (cuffmerge)

Analysis of Differentially Expressed Gene （DEGs）

Identify DEGs (cuffdiff)

Explore the results (cummerbund)

    Data analysis （part 4）：from gene list to gene function，基因功能注释

File format for annotation information: GFF3

Annotation

Enrichment analysis using DAVID

表观基因组数据

    数据的产生、处理与分析

 ChIP-Seq与DNA甲基化测序

主要分析方法和原理

-数据质量检查和质量控制

-数据前处理

 Peak calling算法介绍

 DNA Accessibility解析

 3D Chromatin Structure解析

     UCSC Genome Browser工具介绍与应用

ENCODE项目

    ENCODE项目背景、目标、实验种类介绍

 数据和数据仓库的概况

 工具介绍: ChromHMM, Segway, chromImpute等.

 数据资源: regulomeDB, HaploReg等.

     其他应用与项目如Epigenome Roadmap等

TCGA项目及其他

 TCGA项目背景、目标、实验种类介绍

 数据和数据仓库的概况

 临床数据介绍

 SNV, CNV等识别

 多维基因组数据分析

 cBioPortal工具的介绍与应用

     CCLE、CGP项目的介绍与应用

培训特色:

1、讲师拥有丰富的数据分析和软件研发经验。

2、主题明确，针对性强。理论与实践结合，针对专题内容进行深入讲解。

3、精心挑选上机软件，实用性强，方便学员课下独立操作。

培训地点：北京

主办单位：中科云畅应用技术研究院 联合 中科院北京基因组研究所重点实验室

培训时间：2017.9.22——9.26  (22号报道，23、24、25、26四天授课）

-主办方介绍-