浙江大学第26/46期“基因组科学”研习班

随着众多生物基因组测序项目的完成，生物学数据正在加速度增长。如何科学地分析和注释这些高通量数据，已成为生物学工作者急需学习和解决的问题。浙江大学“基因组科学”研习班邀请北京基因组所于军教授、胡松年教授为您讲授基因组学基础知识和前沿进展、基因转录组的测定及分析、基因芯片、二代测序等实验技术的关键事项；浙江大学杨军教授、陈铭教授等讲解系统生物学及高通量分析研究方法和思路。

往届“基因组科学”研习班精彩照片回顾

本研习班多次获得浙江大学优秀项目创新奖，目前已举办45期，学员来自全国30余个省市，累计培训学员4350余名。每次研习班不乏教授、博导参加，更受到博士后、硕博生等年轻学者的青睐。他们中有一些带着课题或问题前来交流和联系，不少学员通过本研习班建立了长期协作关系，共同申请国家973、863课题，共同发表论文，其中不少优秀的研究成果，已在SCI期刊上发表。   

一、上课内容   

上课内容涵盖“基因组学—蛋白质组学—系统生物学”的研究方法、技术思路、前沿进展及其在各生物学科中的应用。   

核心课程包括：  

1. 基因组的比较研究、DNA测序技术原理与进展（讲课人：于 军 教授）   
2. 转录组的测定与分析、大规模测序方法及应用、微生物基因组学（讲课人：胡松年教授）   
3. 系统生物学建模分析及高通量分析技术应用（讲课人：杨军、陈铭教授等）   
4. 蛋白质组学概论及应用 （讲课人：钟伯雄教授）   

二、上机内容   

上机实习课采用 “跟我学”方式，学习实践各类基础生物信息学软件，每人一台PC机跟着大屏幕一步步学会基因组、蛋白质组学数据分析的基本方法。  

主要内容如下：  

实习一： 基因组数据注释和功能分析   
通过序列比对工具BLAST的学习，了解基因功能注释的原理；介绍多序列联配工具ClustalX及分子进化分析软件MEGA4，掌握系统发生树绘制的基本方法，认识基因复制在进化上的功能。   

实习二： 核苷酸序列分析   
学习基因序列分析常用的数据库和软件，包括：基因预测，编码区结构分析，选择性剪切分析，基因启动子预测，基因调控元件预测，密码子偏好性分析等内容。   

实习三： 芯片的基本数据处理和分析   
使用TM4软件来实现芯片的数据采集，低质量过滤，标准化处理及聚类等可视化分析；使用GenMAPP软件挖掘芯片数据在代谢途径中的生物学意义；介绍NCBI GEO数据库，学习检索和提交芯片数据。   

实习四：蛋白质结构与功能分析   
从数据库搜索感兴趣的蛋白质氨基酸序列开始，接着对蛋白质基本理化性质、二级结构、和三维空间结构和序列模体进行分析，预测目标蛋白的生物功能。   

实习五： 蛋白质组质谱分析   
使用X！Tandem、Mascot、Sequest等软件鉴定蛋白质质谱数据，将质谱结果匹配到蛋白质组数据库鉴定蛋白；使用TPP软件包进行统计学分析和优化检索结果练习。

实习六：系统生物学软件实习-----网络结构显示与分析 
利用Cytoscape系统生物学分析软件，分析蛋白－蛋白相互作用，展示分子网络系统，并与基因表达等数据整合。  

三、培训对象   

1. 无生物信息学背景，希望了解生物信息学的学员；   
2. 计划开展各类组学研究的科研人员；   
3. 已有组学数据需了解分析方法的研究人员；   
4. 有志从事生物信息学相关工作的学生或者技术人员。