2018微生物组学分析研讨班

日期

授课题目

授课内容

第一天

上午

微生物组学研究的发展和挑战

1、微生物组研究的发展历史

2、测序平台介绍

3、基于测序的研究方法

3.1 宏基因组（target sequencing 和全基因组）

3.2 单个微生物de novo测序

4、应用案例分析

第一天

下午

target sequencing数据分析

1、linux常用命令使用和上机操作

2、数据分析过程中的编程简介（perl、R、python等）

3、target sequencing数据分析加上机

3.1质控

3.2去嵌合体

3.3 OTU聚类

3.4 注释

3.5统计分析：（1）α多样性分析；（2）β多样性分析；（3）群落结构及丰度分析；（4）进化分析；（5）差异分析(Lefse)；（6）功能分析(picrust)。

第二天

全天

Whole metagenome 和metatranscriptome数据分析

1、质控

2、拼接组装：SOAPdenovo；MetaVelvet; Meta-IDBA等

3、聚类Binning：TETRA; MetaCluster; Phymm等

4、基因注释：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator等

5、功能注释：RAMMCAP；Blast等

6、统计分析：（1）物种分析；（2）功能分析；（3）差异分析；（4）表达分析

第三天

全天

微生物de novo测序分析

1、 质控

2、 单细胞测序去污染、去嵌合体等

3、拼接组装：SPAdes等

4、基因预测

5、功能注释

6、代谢途径分析

7、进化分析：（1）SNP；（2）插入缺失（3）水平基因转移；

8、转录组分析：（1）基因差异表达分析；（2）代谢通路分析