2019DNA甲基化与表观遗传学数据挖掘与分析学习班（10月上海班）

第一天上午

8:30-11:30

表观遗传学研究内容及思路，DNA甲基化原理、应用及研究

1. 了解表观遗传学的研究内容及调控机制。

2. 通过近期Cell文章理解表观遗传学文章图表和思路。

3. 了解高通量测序技术的原理和数据形式。

4. 了解表观遗传学各组学的测序技术及分析内容。

5. DNA甲基化作用机制及研究应用。

理论

第一天下午

1:30-17:00

Linux及R语言实操，DNA甲基化数据分析

1. 常用Linux命令入门讲解及实操训练。

2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用。

3. R语言语法介绍及常用命令。

4. 数据处理功能及统计应用。

5. DNA甲基化测序数据分析（bismark，methylKit等软件）。

6. DNA甲基化芯片数据分析（IMA等软件）。

实操

第一天晚上

18:00-21:00

组蛋白修饰、ATAC、表观转录组测序技术、分析思路及流程

1. 组蛋白修饰和ATAC的研究方法及技术发展。

2. 组蛋白修饰和ATAC的研究内容及科研思路。

3. 组蛋白修饰及ATAC数据的分析流程及绘图。

4. 组蛋白和多组学数据的整合分析。

5. 表观转录组学研究内容及多组学整合思路。

理论

第二天上午

8:30-11:30

组蛋白修饰、ATAC数据分析，

组学常用数据库使用

1. 利用fastqc、cutadapt及Trimmomatic对原始数据进行质控。

2. 通过bowtie2、bwa等软件进行基因组mapping。

3. 通过MACS2软件进行peak calling。

4. 利用HOMER软件进行peak注释及motif分析。

5. 调用R语言包Diffbind进行差异peaks分析。

6. 常用表观组学及疾病挖掘数据库介绍及使用

实操

第二天下午

1:30-17:00

mRNA及非编码RNA分析及图形绘制

1. 转录组数据分析内容及研究思路。

2. 长非编码RNA、microRNA及circRNA的研究方法及思路。

3. 转录组多组学整合分析思路和案例介绍。

4. 通过tophat2、hisat2软件进行转录组数据mapping。

5. 通过HTSeq及featureCounts进行基因表达定量。

6. 通过Deseq2，edgeR等R语言包进行差异表达分析。

7. 应用DAVID及metascape网站进行通路富集分析。

8. 箱型图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。

9. 归纳总结零成本表观组学数据挖掘思路。

10. 表观遗传基金申请思路、准备内容及注意事项等。

理论+实操