DNA条形码与分子标记

-会议内容-

培训大纲：

一 、分子鉴定的应用

1、微生物、动物、植物资源普查

2、检验检疫

3、中药材真伪鉴定

4、食品质量安全

5、疾病诊断和预防

6、分子育种

二、DNA测序技术-遗传检测的利器

1、第一代测序技术：Sanger测序原理

2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理

3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理

4、第四代测序技术:Oxford NanoPore原理

5、Hybridization based methods

6、测序技术的比较及展望 

三、Sequence-independent分子标记的开发及应用

1、Restriction fragment length polymorphism （RFLP）

2、Random amplified polymorphic DNA （RAPD）

3、Simple sequence repeats （SSR）

4、Single strand conformation polymorphism （SSCP） 

5、Cleaved amplified polymorphic sequence （CAPS）

6、Sequence characterized amplified region （SCAR）

7、Amplified fragment length polymorphism （AFLP）

8、Inter-retrotransposon amplified Polymorphism （IRAP）

9、REtransposon-microsatellite amplified polymorphism （REMAP）

四、equence-dependent分子标记开发及应用

1、常用的DNA条形码标记：ITS，ITS1，ITS2，trnH-psbA，rbcL-matK，COI等

2、常用DNA条形码鉴定方法：sequence similarity-based （Blast， Hidden Markov Model），tree-based，cutoff-based

3、筛选最优DNA条形码指标

⑴PCR amplification success

⑵Sequencing efficiency

⑶Species distinguishing power

⑷DNA barcoding gap

DNA barcoding相关数据库

⑴BOLD: Barcode of Life Database

⑵BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database

五、基于全基因组序列的新的分子标记的发现

1、（真菌、动物）线粒体基因组

⑴测序方案: 实验方法纯化还是生信方法纯化

⑵组装方法：de novo vs. reference based

⑶注释流程: MFAnnotator vs. FUMGA

⑷特异性标记筛选流程

2、（植物）叶绿体基因组

⑴测序方案：实验方法纯化还是生信方法纯化

⑵组装方法：de novo vs. reference based

⑶注释流程：CPGAVAS vs. DOGMA

⑷特异性标记筛选流程

六、物理图谱和遗传图谱构建新方法：原理及应用

1、Optical Map

2、Bionano

3.reduced-representation sequencing using reduced-representation libraries (RRLs) 

4、complexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS),

5、Restriction-site associated DNA sequencing （RAD-Seq）

-主办方介绍-