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用R语言挖掘公共数据库(TCGA、GEO)发表高分文章(6.6-7 网络精讲班)

用R语言挖掘公共数据库(TCGA、GEO)发表高分文章(6.6-7 网络精讲班)

2020-06-06 08:30 至 2020-06-07 17:00

线上活动  

上海莫速乎教育投资有限公司   

50人

报名截止

推荐会议:R语言生信数据分析及可视化作图(网络)研讨会4月线上班

发票类型:增值税普通发票

参会凭证:

-会议内容-

R语言进行科研数据挖掘实战会议

无实验无数据没关系,挖掘别人的数据,发表自己的文章

两天一夜高强度实训,讲究实战,所有经验和盘托出

会后赠讲课录像便于反复复习保障效果(加密播放不零售,保障学员优势权利)

第十八期 2020/6/6-7   网络精讲班(会议时间两天&一晚)

莫速乎科研会议平台主办,微信搜索:莫速乎教育 公众号上可查看带图的会议介绍

  

还在认为没有实验就不能发表论文?还在为不精通挖掘GEOTCGA,SEER的数据库而痛苦不堪?还在为不知道如何找课题找靶点而苦恼?还在为不会那些高大上的图表而暗自伤神?快来参加莫速乎的科研数据挖掘实战专题学习班吧,挖掘别人的数据,发表自己的文章,一次学习,不再报班!

本会议由于带着明确的目的性去学习R语言,且针对有/无R语言基础的学员均具有很大宽容性,自开班起就广受好评。随着近年来生物信息学技术的普及,R语言是每个科研工作者都有必要掌握的技能,以往漫无目的的学习R效果不理想,用R去进行科研数据挖掘,既学习了R又解决了实际科研问题。


学完课程并掌握后能干什么:

1.没有课题的时候找到课题,没有机制的时候挖掘机制

2.为基金申请保驾护航,发表paper如虎添翼

3.掌握R语言的核心技能,GEO,TCGA,SEER的数据处理没有压力

4.科研绘图:以一敌百,高端大气,私人订制。

 这是一份带有诚意且注重实战的数据挖掘课程。我们的目标是:一次学习,不再报班。


课程特点:

1.不留秘密,私货全出,全程只用R语言,关键步骤不隐藏。

2.第一天晚上时间充分利用,增加带有讲师指导的练习,更多的训练时间,更好的掌握。

3.讲最核心的知识,讲通用的技能,学后可应用到其他数据库的挖掘。

4.实例操作(至少3个套路),让你快速掌握数据挖掘套路。

5.现场完成一篇paper的思路以及图表。

  

适合人群:

广大临床/科研工作者及心有热血被困囚笼的研究生



-主办方介绍-

上海莫速乎教育投资有限公司 上海莫速乎教育投资有限公司

莫速乎科研教育,简称莫速乎,原名“多圈课堂”,创立于2012年12月,隶属于上海莫速乎教育投资有限公司。2014年3月更名为“莫速乎科研教育”,品牌名源于我国古代著名教育家《荀子·劝学》“学之经 莫速乎”。莫速乎旨在通过独创的EAT理念打造最易接收并最能提高实际技能的高清视频课程,以作为科研传统教育的补充或替代。同时将持续开展现场研讨班,以弥补视频课程之不足。EAT理念以荀子思想为根基,并从“学”的角度优化教学,且课程策划符合哲学的认识论规律,是目前“最符合人性”的教学理念。在课程策划方面,我们坚信每个小领域只需要一部课程,一部优秀的课程,经典的课程,足可供全国千百万人学习,莫速乎正是立志于打造每个小领域内的这一部课程。

日期

时间

内容安排

 

第一天

08:30-11:55

R语言基础知识介绍
R语言数据结构以及循环控制(向量,因子,矩阵,数据框,列表,for循环,if控制)
编写自己的第一个批量处理数据的程序

R语言中数据框的操作(增删改查)
真实数据的清洗和整理
R包以及bioconductor资源的使用
R包无敌安装攻略
R语言绘图系统

 
 
 
 
 
 
 

11:55-13:30

统一午餐

 

13:30-17:00

TCGA数据库背景介绍+阅读文献
TCGA相关的网页工具汇总学习
介绍不同的癌症和不同组学
不同的分析套路解读(WGCNA,signatures,miRNA-mRNA配对或者ceRNA等)

TCGA数据分析的软硬件准备
下载及理解TCGA数据(所有数据)

R制作TCGA表型数据临床三线表

 
 
 
 
 
 

 

17:00-18:00

统一晚餐

 

晚上

18:00-21:00

R语言数据框的操作练习(掌握tidyr和dplyr)
GEO数据库成套流程实战(数据清洗,热图,火山图,气泡图)
如何根据需求绘制一个漂亮的火山图(学习ggplot2)
使用R语言制作特定肿瘤所有基因表达的数据库

第一天答疑,消化,为第二天做准备

 
 
 

第二天

08:30-11:55

差异分析(表达数据,表达矩阵归一化,DESeq2)
任意癌症任意基因在癌和癌旁的表达
如果有亚型,在不同亚型中的表达
如果有肿瘤有分期,在不同临床分期中的表达
单个基因在多个正常组织中的表达
单个基因在多个细胞系中的表达
单个基因在多个肿瘤中的表达
两个基因的相关性如何分析

 

聚类注释与图表展示 (GO/KEGG,GSEA)                              

 

使用多种统计算法定位 signatures cox,lasso回归

 

生存分析
绘图美化
任意癌症中任意基因的生存分析
任意癌症中批量生存分析

 

TCGA文章的框架分析以及复现

 

答疑环节

 

11:55-13:00

统一午餐

 

13:00-16:30

利用GEO和TCGA数据库找到课题
利用GEO和TCGA数据库发掘下游机制

如何利用GEO和TCGA数据库申请基金
如何利用GEO和TCGA数据库发表文章
现场完成一篇生信文章的所有图表
提出科研假设
根据科研假设下载整理数据导入R语言                              

在R语言中清洗和整理数据达到对应R包的要求

数据处理过程中调整分析策略
绘制各个部分需要的图标

 
 
 
 
 

主讲人简介:

果子老师,在生信方面具有丰富经验,本次进行两天一晚的高强度实操训练,目标是让大家一次学习不再报班。讲师已在生信网站及公众号发布上万条生信相关帖子。作为临床科研工作者,深知无课题之苦,因此愿将所学知识和盘托出,没有隐藏。致力于给非生信专业人员普及生物信息学,擅长各种组学的处理,且讲课诙谐幽默。

-会议门票-

时间地点:

第十八期 2020/6/6-7 网络直播授课(会议时间两天&一晚)

注册费用:

3400元/人  注册费包含网络直播平台费、专家讲课费及视频课程的费用。

主办单位:莫速乎教育(上海莫速乎教育投资有限公司)、上海荆麦信息科技中心

 

参会要求:

1、请自杯备笔记本电脑WINDOWS系统或mac系统均可。

2、所用软件会前三天发软件及安装教程到报名邮箱自行下载安装。

3、会前发送练习数据供上课与老师同步进行操练。

4、会后发放经盖章的纸质邀请函、发票供报销使用。

会议标签:

R语言 公共数据库 TCGA GEO 论文 医生

温馨提示
酒店与住宿: 异地参会客户请注意,为防止会议临时变动,建议您先与活动家客服确认参会信息,再安排出行与住宿事宜。
退款规则: 活动各项资源需提前采购,购票后不支持退款,可以换人参加。

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