会议详情 |
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关于举办“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训的通知
各有关单位:
分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法,已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时,而计算机模拟的方法省时省力,可以用来求解解析理论无法求解的问题,模拟实验做起来困难或不可能做的条件,得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件,可以模拟成千上万甚至几百万个原子、分子,常用于模拟液体中的粒子,固体和汽体的系综,也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物,生物,金属,粒状和粗料化体系。
为全力做好教育系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作,确保广大师生的身体健康和生命安全,根据中央有关精神以及教育部《关于2020年春季学期延期开学的通知》,各级教育主管部门也纷纷提出将通过开展网络教学,确保“停课不停教、不停学”。应新老客户的培训需求,北京软研国际信息技术研究院特举办““LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训,本次培训由互动派(北京)教育科技有限公司具体承办,通过本次培训,能够了解LAMMPS是什么?能干什么?怎么用?以及如何从简单的例子开始学起,做出能够发表的结果,具体事宜通知如下:
一、时间地点:
2020年5月23日——5月24日 在线直播(授课2天)
2020年6月4日——6月7日 线下培训(第一天报到、授课3天)
二、报名费用:
每人¥3300元(含报名费、培训费、资料费、证书费)
5月9号之前报名汇款可享受优惠 400元(名额有限);费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函;
三、培训特色:
1、本次课程共计5天,采用“3+2”教学体系,2天在线教学及3天线下实训;小班授课,对知识进行由浅入深,层层递进,系统讲解,配合案例解析边讲边练,让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作;在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求;
2、课堂上建立专属班级交流平台,学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题,巩固学习内容
四、培训课表:
“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”专题线上+线下实战培训
课 程 | 内 容 |
一、LAMMPS基础 | 1 分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义 1.1系综理论 1.2主要算法介绍 1.3积分步长的选取 1.4温度和压力控制 1.5周期性边界条件 1.6分子动力学模拟流程 |
二、LAMMPS入门学习 | 2 LAMMPS入门操作基础 2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令 2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装 2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法,针对自己体系编译可执行文件。 2.4 LAMMPS的in文件结构格式、基本语法及常用命令讲解、data文件格式。 2.5 LAMMPS实例讲解。 : 实例操作:在linux系统编译安装自己的LAMMPS可执行程序。 |
三、LAMMPS进阶学习 | 3. LAMMPS各种参数计算 3.1 颗粒模拟 3.2 可视化快照 3.3 弹性常数模拟 3.4 计算热导率 3.5 计算粘度 3.6 计算均方位移 3.7 计算径向分布函数 3.8 计算扩散系数 3.9 计算能量数据 3.10 Lammps常见错误及解决途径 : 实例操作:学员结合自己的科研方向,选择运行契合自己研究方向的例子 |
四、Lammps的建模 | 4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程 4.1 掌握lattice命令建立晶体模型 4.2 Packmol建模语法学习及实操 4.3 Material Studio建模学习及实操 4.4 VMD建模学习及实操 : 实例操作:把上述实操模型转换成lammps的data文件 |
五、从examples的简单例子,到完成自己的科研课题 | 5 通过examples中的例子,理解要模拟对象的物理意义 5.1 运行examples\flow 到建立水分子在石墨烯片层(碳纳米管)内的流动模拟 5.2 运行examples\shear 到石墨烯力学性质模拟 5.3 运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟 5.4 特殊结构的模拟建模(C60系列模型) : 实例操作:学员探索由简单例子到自己科研课题的模拟过程 |
六、环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场) | 6 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响 模拟过程 6.1 创建构型文件 6.2 建立输入脚本 6.3 运行能量最小化及体系的预松弛 6.4 压缩盒子达到指定的密度(针对不同研究体系掌握压缩方法的不同,并掌握判断方法和依据) 6.5模拟步骤:包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 6.6. 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频,学会用tcl脚本控制输出) 6.7 数据分析(origin软件的使用) 6.7.1 MSD分析 6.7.2 计算RDF 6.7.3 计算密度分布 |
七、LAMMPS高级研修,自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型 | 7 LAMMPS分子力场文件创建及MOFs材料建模 7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构,掌握基本的材料几何特征 7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型 7.3 分子作用势能函数,编写MS软件中的力场参数文件(off文件) 7.4 巨正则系综Monte Carlo方法 7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料 7.6 编写LAMMPS力场文件(frc文件),并通过lammps程序生成data文件 7.7 运行能量最小化及体系的预松弛 7.8 模拟步骤:包括能量最小化NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 : 实例操作:金属有机框架(MOFs)储氢和碳捕集模拟 |
八、分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟 (模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359) | 8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分离性能 模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359的分离过程 8.1 利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包 8.2 设计H2/CO2与ZIF-7体系模型,模拟文献“Science 346 (6215), 1356-1359”的实验过程 8.3 自定义分子力场文件(frc文件),并通过lammps程序生成data文件 8.4 运行能量最小化及体系的预松弛 8.5 模拟步骤:包括能量最小化-NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质 8.6 采用VMD查看动态轨迹 8.7 数据分析,计算RDF,MSD,密度分布,选择性等 : 实例操作:包括在VMD中查看可视化的动态轨迹,计算密度分布,分子的MSD等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析 |
九、辅助课程 | 1.其他相关软件的功能介绍,如 GROMACS、VASP、NAMD、MS 等 2.建立微信群 QQ 群,建立长期技术问题答疑平台 |
六、颁发证书:
参加相关培训并通过考试的学员,可以获得: 北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用》专业技能结业证书。
票种名称 | 价格 | 原价 | 票价说明 |
普通票 | ¥3299 | ¥3299 | 5月9号之前报名汇款可享受优惠 400元(名额有限)费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函; |
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