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“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训

“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训

2020-05-23 09:00 至 2020-05-24 16:30

北京   北京高校

北京软研国际信息技术研究院    

50人

报名截止

推荐会议:研发项目管理 2024年深圳12月26-27日

发票类型:增值税专用发票 增值税普通发票

参会凭证:现场凭电话姓名参会 报名联系唐老师:18618288284

-会议内容-

关于举办“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训的通知

各有关单位:

分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法,已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时,而计算机模拟的方法省时省力,可以用来求解解析理论无法求解的问题,模拟实验做起来困难或不可能做的条件,得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件,可以模拟成千上万甚至几百万个原子、分子,常用于模拟液体中的粒子,固体和汽体的系综,也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物,生物,金属,粒状和粗料化体系。

为全力做好教育系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作,确保广大师生的身体健康和生命安全,根据中央有关精神以及教育部《关于2020年春季学期延期开学的通知》,各级教育主管部门也纷纷提出将通过开展网络教学,确保“停课不停教、不停学”。应新老客户的培训需求,北京软研国际信息技术研究院特举办““LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战培训,本次培训由互动派(北京)教育科技有限公司具体承办,通过本次培训,能够了解LAMMPS是什么?能干什么?怎么用?以及如何从简单的例子开始学起,做出能够发表的结果,具体事宜通知如下:

一、时间地点:  

2020年5月23日——5月24日  在线直播(授课2天)

2020年6月4日——6月7日    线下培训(第一天报到、授课3天)

二、报名费用:  

每人¥3300元(含报名费、培训费、资料费、证书费)

5月9号之前报名汇款可享受优惠 400元(名额有限);费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函;

三、培训特色:

1、本次课程共计5天,采用“3+2”教学体系,2天在线教学及3天线下实训;小班授课,对知识进行由浅入深,层层递进,系统讲解,配合案例解析边讲边练,让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作;在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求;

2、课堂上建立专属班级交流平台,学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题,巩固学习内容

四、培训课表:

“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”专题线上+线下实战培训

课  程

内   容

一、LAMMPS基础

1  分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义

1.1系综理论

1.2主要算法介绍

1.3积分步长的选取

1.4温度和压力控制

1.5周期性边界条件

1.6分子动力学模拟流程

二、LAMMPS入门学习

2  LAMMPS入门操作基础

2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令

2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装

2.3 LAMMPS的linux版串行并行GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法,针对自己体系编译可执行文件。

2.4 LAMMPS的in文件结构格式、基本语法及常用命令讲解、data文件格式。

2.5 LAMMPS实例讲解。

实例操作:在linux系统编译安装自己的LAMMPS可执行程序。

三、LAMMPS进阶学习

3. LAMMPS各种参数计算

3.1 颗粒模拟

3.2 可视化快照

3.3 弹性常数模拟

3.4 计算热导率

3.5 计算粘度

3.6 计算均方位移

3.7 计算径向分布函数

3.8 计算扩散系数

3.9 计算能量数据

3.10 Lammps常见错误及解决途径

实例操作:学员结合自己的科研方向,选择运行契合自己研究方向的例子

四、Lammps的建模

4   LAMMPS建模——掌握基本操作流程

4.1  掌握lattice命令建立晶体模型

4.2  Packmol建模语法学习及实操

4.3  Material Studio建模学习及实操 

4.4  VMD建模学习及实操

实例操作:把上述实操模型转换成lammps的data文件

五、从examples的简单例子,到完成自己的科研课题

5 通过examples中的例子,理解要模拟对象的物理意义

5.1  运行examples\flow 到建立水分子在石墨烯片层(碳纳米管)内的流动模拟

5.2  运行examples\shear 到石墨烯力学性质模拟

5.3  运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟

5.4  特殊结构的模拟建模(C60系列模型)

实例操作:学员探索由简单例子到自己科研课题的模拟过程

六、环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场)

6 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响


拟过程

6.1 创建构型文件

6.2 建立输入脚本

6.3 运行能量最小化及体系的预松弛

6.4 压缩盒子达到指定的密度(针对不同研究体系掌握压缩方法的不同,并掌握判断方法和依据

6.5模拟步骤:包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

6.6. 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频,学会用tcl脚本控制输出)

6.7 数据分析(origin软件的使用

6.7.1 MSD分析

6.7.2 计算RDF

6.7.3 计算密度分布

七、LAMMPS高级研修,自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型

7 LAMMPS分子力场文件创建及MOFs材料建模

7.1  介绍固体材料单晶包试验数据结构,掌握基本的材料几何特征

7.2  利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型

7.3  分子作用势能函数,编写MS软件中的力场参数文件(off文件)

7.4  巨正则系综Monte Carlo方法

7.5  利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料

7.6  编写LAMMPS力场文件(frc文件),并通过lammps程序生成data文件

7.7  运行能量最小化及体系的预松弛

7.8  模拟步骤:包括能量最小化NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

实例操作:金属有机框架(MOFs)储氢和碳捕集模拟

八、分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟

(模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359)

8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分离性能

模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359的分离过程


8.1  利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包

8.2  设计H2/CO2与ZIF-7体系模型,模拟文献“Science 346 (6215), 1356-1359”的实验过程

8.3  自定义分子力场文件(frc文件),并通过lammps程序生成data文件

8.4  运行能量最小化及体系的预松弛

8.5  模拟步骤:包括能量最小化-NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质

8.6  采用VMD查看动态轨迹

8.7  数据分析,计算RDF,MSD,密度分布,选择性等

实例操作:包括在VMD中查看可视化的动态轨迹,计算密度分布,分子的MSD等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析

九、辅助课程

1.其他相关软件的功能介绍,如 GROMACS、VASP、NAMD、MS 等

2.建立微信群 QQ 群,建立长期技术问题答疑平台


六、颁发证书:

参加相关培训并通过考试的学员,可以获得: 北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用》专业技能结业证书。

-主办方介绍-

北京软研国际信息技术研究院

-会议门票-

票种名称 价格 原价 票价说明
普通票 ¥3299 ¥3299 5月9号之前报名汇款可享受优惠 400元(名额有限)费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;如需开具会议费的单位请联系招生老师要会议邀请函;

-场馆介绍-

北京高校
会议标签:

分子动力学 LAMMPS

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