2018转录组学专题研讨班

日期

授课题目

授课内容

第一天

转录组学前沿概述

1、转录组技术发展前沿动态

2、转录组应用案例及应用热点

转录组学实验和分析基础

1、转录组学研究的实验技术

2、转录组技术流程及技术细节（重点讲解）

3、常用的转录组测序建库技术

转录组学中lncRNA的研究

1、lncRNA目前的定义、应用和发展

2、lncRNA的生物学过程（重点讲解）

3、lncRNA的测序（重点讲解）

4、lncRNA测序数据分析案例展示（重点讲解）

第二天

Linux基础操作

1、Linux基础操作

De novo转录组数据分析上机实践

1、原始测序数据的检测和预处理（重点讲解）

2、使用Trinity拼接转录组数据（重点讲解）

3、原始数据与拼接转录本的比对（重点讲解）

4、表达量统计和差异表达分析（重点讲解）

5、使用blast对转录本进行功能注释（重点讲解）

6、寻找转录本的ORF，翻译蛋白质序列

Reference based转录组数据分析上机实践（一）

1、转录组数据准备和软件介绍

2、使用Tophat进行转录组数据的比对（重点讲解）

3、用IGV查看比对结果

4、使用cufflinks进行表达量估计和分析（重点讲解）

5、使用samtools检测转录组数据中的突变（重点讲解）

6、利用DAVID数据库进行差异表达基因的功能分析（重点讲解）

第三天

Reference based转录组数据分析上机实践（二）

7、利用tophat和cufflinks组合，预测转录本

8、使用CNCI预测新的lncRNA转录本（重点讲解）

9、使用LncTar软件预测lncRNA调控的靶基因（重点讲解）

microRNA测序与数据分析（包含上机实践）

1、microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义

2、microRNA的生物学过程（重点讲解）

3、microRNA的测序（重点讲解）

4、microRNA测序数据分析软件（重点讲解）

5、microRNA测序数据预处理（重点讲解）

6、microRNA的预测（重点讲解）

7、microRNA靶标基因预测，结果提取、统计（重点讲解）