2020 生物医学公共数据深度挖掘及应用培训班

日期

时间

授课题目

授课内容

第一天

上午

公共数据库挖掘热点介绍

疾病诊断biomarker鉴定、疾病预后biomarker鉴定、可变剪切与预后相关分析、肿瘤免疫分析、多组学泛癌症分析、人工智能研究在病理切片识别上的应用、人工智能在致癌去分化相关的干性特征研究

下午

常用生物医学数据库介绍

大型综合数据库介绍：NCBI、KEGG、Ensembl

公共高通量测序数据库：SRA

公共基因表达谱数据库：GEO

公共癌症多组学数据库：TCGA

公共表观数据库：ENCODE、Roadmap、regulomeDB

各大数据库数据下载

第二天

上午

基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(上)

差异表达分析及结果可视化：

（1）edgeR包使用

（2）火山图绘制

（3）聚类热图绘制

GO、KEGG功能富集分析及结果可视化：

（1）DAVID在线工具使用

（2）GO富集分析

（3）KEGG富集分析

（4）富集分析气泡图绘制

下午

基因/蛋白互作网络构建、网络关键节点识别

（1）利用string数据库查询基因/蛋白相互作用

（2）利用cytoscape工具构建相互作用网络

（3）网络拓扑结构分析、关键基因识别

第三天

上午

基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(下)

预后相关性分析、生存曲线、ROC曲线绘制：

（1）利用R包进行单因素及多因素预后分析

（2）生存曲线绘制、生存曲线差异显著性分析

（3）ROC曲线绘制

下午

多组学数据联合分析演练（上）

甲基化与转录组整合分析思路演练

（1）甲基化数据预处理

（2）差异甲基化位点及区域识别

（3）甲基化与转录组数据联合分析

第四天                                 

上午                               

多组学数据联合分析演练（下）

lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练

（1）lncRNA表达谱数据获取

（2）miRNA靶基因分析

（3）lncRNA与mRNA表达相关性分析

（4）ceRNA网络构建及结果可视化

下午

讨论与答疑