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一周内教会您用R语言挖掘公共数据库(TCGA、GEO)发表文章 9月21-25日 线上班

一周内教会您用R语言挖掘公共数据库(TCGA、GEO)发表文章 9月21-25日 线上班

2020-09-21 09:00 至 2020-09-25 18:00

线上活动  

玮瑜科研平台(上海玮瑜生物科技有限公司)   

报名截止

推荐会议:科技计划管理改革暨国家科技计划项目申报和科研平台建设运行、科研资金全过程管理使用高级研修班(12月广州)

发票类型:增值税普通发票 增值税专用发票

-会议内容-

每晚三个小时、边学边消化

现场完成一篇文章的流程以及所有图表,

全程实战,全程讲解代码,全部是自己的文章无限回放,

建群完善更好的售后服务

2020年9月21-25日  (线上授课 互动性强)

课程简介


没有经费做课题,没有实验造图形?聪明人必须学着绕过去,

我们不需要经费,完全不需要实验。

R语言挖掘公共数据,发表SCI文章

R语言是科研工作者必备技能。本次以一篇SCI全文复现为目的,不瞎学R,用R解决科学问题,用R去发现新的临床问题。


学习目标

根据自己的专业,找到课题、挖掘机制、锁定标记物

基金中呈现漂亮的图表和前期基础

掌握R语言处理GEOTCGA数据的所有核心技能

科研绘图的所有技能


课程特色

全程实战,全程讲解代码,全是自己文章,重点讲解关键步骤,

更多的售后服务,更好的掌握所有技能。

最大胆、最全面、最深入人心地直达灵魂地讲解。

至少2个套路的全程实战,让你快速掌握数据挖掘套路。

现场完成一篇文章的流程以及所有图表。

-主办方介绍-

玮瑜科研平台(上海玮瑜生物科技有限公司) 玮瑜科研平台(上海玮瑜生物科技有限公司)

玮瑜科研平台(上海玮瑜生物科技有限公司)于2019年12月28日举办2019转录组测序数据分析及案例实践培训班(12月上海班)。

课程安排

日期

主题

主要培训内容

第一天晚上

7:00-10:00

R语言实战入门

R安装

Rstudio安装

3小时掌握R语言

菜鸟如何学习R 语言

R语言数据构成和流程控制

如何用好for循环和apply家族函数

如何转换为可以直接套用代码的数据(数据调整)

猴哥文章中的数据清洗和整理

R语言统计和作图简介

R语言无障碍安装和调用

R语言导入和导出

第二天晚上

7:00-10:00

R语言模块化技能

GEO数据库从下载、整理、分析、出图、涵义(清除无意义的数据,发表级的热图,最漂亮的火山图,GO分析,KEGG分析,共表达网络)、GEO数据便捷实用的GSEA分析,GEO芯片的探针的注释

第三天晚上

7:00-10:00

全代码实战猴哥芯片meta分析核心部分

11分的文章实例解析生信联合实验套路

Sun M. Integrated analysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway in colorectal cancer. Journal of Hematology & Oncology. 2017. 10(1):79 (IF=11.059, PMID: 28356122)

芯片数据的检索、下载、预处理

猴哥多个GEO芯片联合分析(芯片meta)简介和制作

GEO芯片的探针转化为基因名的N种方法

R语言数据框的调整(掌握tidyr和dplyr)

GE)芯片的差异分析、GO、KEGG、GSEA等

学员练习 (线上指导、配给视频练习)

第四天晚上

7:00-10:00

全代码复现生存相关signature文章核心部分

(A prognostic 4-gene expression signature for patients with HER2-negative breast cancer receiving taxane and anthracycline-based

chemotherapy,Oncotarget, 2017)

GEO数据下载    TCGA数据下载

生存相关signature的筛选和降维(lasso模型和rubust模型等)

批量生存分析

单因素生存分析

多因素生存分析

全代码制图

全代码制表

发表级图表的排版

第五天晚上

7:00-10:00

TCGA ceRNA文章发表和制作

Sun M. a comprehensive study based on weighted gene co-expression network analysis and competing endogenous RNA network. Breast Cancer Res Treat. (IF 3.626, PMID: 30715658)

TCGA数据下载和数据库找课题

提取mRNA、IncRNA、MiRNA矩阵

ceRNA网络构建

批量生存分析、单因素、多因素、制表、制图

批量GO、KEGG

实战讲解猴哥例文

 

授课老师

猴哥:武汉大学博士,副主任医师,讲师,发表SCI论文25篇,历任3家公司数据分析师,100篇meta分析数据分析经验,43场公益讲座授课基础,5年免费答疑的耐心和责任心。主持国家自然科学基金1项,主持省级课题3项、湖北陈孝平科技发展基金会肝胆胰恶性肿瘤研究基金1项、国家级大学生创新创业训练计划项目3项。 

-会议门票-

【主办单位】

玮瑜科研平台


【承办单位】

上海玮瑜生物科技有限公司

上海焦务科技服务中心


【注册费用】

3200元/人。

可开会务费 注册费 试剂检测费  分析服务费等

线下班开班可以零差价免费学


【时间地点】

会务时间:2020年9月21日-25日   线上班

会议标签:

R语言 公共数据库 TCGA GEO

温馨提示
酒店与住宿: 异地参会客户请注意,为防止会议临时变动,建议您先与活动家客服确认参会信息,再安排出行与住宿事宜。
退款规则: 活动各项资源需提前采购,购票后不支持退款,可以换人参加。

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