临床生信公共数据库数据挖掘与可视化及文章套路研讨会11月在线班

TCGA&GEO数据分析及癌症预后模型构建靶标筛选日程

时间安排

大纲

详细内容

第一天

晚上

19:00~20:30

生信与临床关联，以及文献解读

生物信息介绍，与临床的密切关联；

国自然前期基础研究中生信的作用。

高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。

经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。

20:45-22:00

R语言学习

R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。

R语言基础：元素、向量、矩阵、数组

R语言函数：计算函数、统计函数等

R语言路径确认及修改

R语言文件（图、表）的导入和导出

R语言包：常见R包的下载安装方法

第二天

9:00~ 10:20

TCGA数据库

NCBI GEO数据库

TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)

TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据）

GEO数据库介绍： 数据量最大的高通量公共数据库。

GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。

茶歇

10:30~12:00

TCGA相关的下载工具

TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载
TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。

午饭休息

13:30~15:20

差异分析及作图

GEO2R工具

R语言：差异分析limma包使用、火山图制作

茶歇

15:30~17:30

数据的后续高级分析工具实战

聚类热图制作

R语言pheatmap包做聚类热图

DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

第三天

9:00~ 10:20

蛋白互作分析及网络图构建美化

蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库

cytoscape软件 ：网络图构建及网络拓补学分析

筛选关键hub基因

茶歇

10:30~12:00

癌症预后模型构建R语言实操

单因素及多因素cox回归分析

LASSO回归分析筛选特征因子基因

生存预后风险预测模型效能评估和比较分析

独立生存预后因素的生存率模型的构建

午饭休息

13:30~15:20

TCGA相关的在线分析工具实操

TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。
Cbioportal数据库学习

Ualcan数据库学习

GEPIA数据库学习

茶歇

15:35~17:00

思路讨论

基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路

基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路

基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路

基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路

串讲

实操大串讲

备注：讲师基于windows系统讲解，请尽量使用windows电脑参加