生物信息学软件与工具使用培训班

日期

时间

课程名称

课程内容

第一天
上午

09:30-10:30

生物信息学
概述与前沿

1. 基因组学与生物信息学背景知识介绍；
2. 生物信息进展与前沿技术介绍；

10:30-12:00

NCBI数据库

1. NCBI数据库介绍：PubMed、Nucleotide（GenBank）、Genome、Structures（MMDB）、Taxonomy、UniGene、Entrez等，数据查询检索；

第一天
下午

13:30-15:00

NCBI数据库

2. NCBI数据库数据上传提交与批量下载；
3. NCBI数据库实例讲解与练习；

15:00-17:00

Blast与序列比对

1. Blast与序列检索比对及参数；
2. Blast建库与Blast本地化；
3. 实例讲解与练习；

第二天
上午

09:30-12:00

MEGA软件与分子进化

1. 分子进化理论基础；
2. MEGA与系统发育树构建；
3. 实例讲解与练习；

第二天
下午

13:30-17:00

基因组注释

1. 基因本体数据库GO及GO注释；
2. 生物学通路KEGG注释方法与实现；
3. David与基因注释；
4. IPA简介，查询搜索，通路分析与网络构建；

第三天
上午

09:30-12:00

分子网络与生物学通路分析

1. 分子相互作用数据库与通路概述（Uniprot，String，DIP数据库）；
2. 分子网络分析工具Cytoscape及插件使用；
3. 实例讲解与练习；

第三天
下午

13:30-15:30

疾病和基因突变数据库

1. GeneCard数据库介绍及使用；
2. HGMD（人类基因突变数据库）数据库介绍及使用；

15:30-17:00

药物基因组数据库

1. PharmGKB数据库介绍及使用；
2. PGMD数据库介绍及使用；

第四天
上午

09:30-12:00

表观遗传学

1. Encode数据库介绍及使用；
2. Roadmap数据库介绍及使用；
3. RegulomeDB数据库介绍及使用；

第四天
下午

13:30-15:30

蛋白质3D结构

1. 蛋白质结构分析概述；
2. PDB数据库介绍与使用；
3. PyMol蛋白质结构分析软件介绍与使用；

15:30-17:00

SPSS软件与生物统计应用

1. 生物统计概述；
2. SPSS使用与生物统计应用；
3. 实例讲解与练习；