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会议详情 |
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2020-06-05 08:00 至 2020-06-07 18:00
发票类型：增值税普通发票 增值税专用发票
多组学数据整合挖掘与分析（网络）研讨会
医药加ZOOM网络会议室 2020.06.5-7（两天两晚）
【背景介绍】
2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中，与通路（pathway）关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿，与甲基化相关的有213项，金额8748万，与突变相关的有190项，金额7410万；
如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。
目前，多组学整合分析是一个非常热门且创新的方向。通过多组学整合分析我们可以更加快速、准确的找到与研究方向关联的biomarks。它的核心原理是期望通过高通量数据，找到所有基因在不同组学水平中的变化并进行分析，获得关键基因在各个组学都有显著作用。
多组学整合分析的原始数据来源有两种：
（1）自己采集样本做高通量测序/芯片/质谱等；
（2）使用公共数据库中的组学数据（比如TCGA、GEO、EBI、SRA、CGGA、PRIDE等）。
【主要内容】详细内容见下文日程表
多组学分析常用数据库；
多组学分析常用软件和工具；
教授对应的图片制作方法（包含但不限于聚类热图、火山图、富集分析图、Venn图、pathwaymap）
【会议预期】
通过三天的学习，了解多组学整合分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。
主办方：上海循掘生物科技中心
会议时间：2020年6月5-7日（两天两晚）
5日 19：00-20：00
6日 8：30-18：00 及19：00-20：00
7日 8：30-17：30
会议地点：医药加ZOOM网络会议室
说明：研讨会使用专业会议软件ZOOM，需提前安装好
医药加科研培训中心
举办了2018肠道菌群与代谢组学国自然课题设计及研究策略专题会议（12月北京班） 2019临床预测模型构建与基于R语言统计分析学习班（01.05-01.06北京班） 2019全国循证医学Meta分析及网状Meta三天精讲学习班（1月北京班） 第10期测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班2019（1月上海班） 2019肠道菌群与代谢组学国自然课题设计及研究策略专题会议（1月上海班） 2019国自然基金标书构思与撰写学习班（1月上海班） TCGA,GEO生信高通量数据挖掘专题学习班2019（1月上海班） 第8期医学SCI论文写作及发表技巧学习班2019（1月上海班） ......
上海遐永医药科技南京巴傲得生物科技有限公司(Biogottechnology,co,Ltd），是专一服务于生命科学研究的专业技术型企业。是一大批志同道合的资深专业人士共同创办的具有现代化经营管理水平的生物高科技企业，从事生物技术产品的开发及销售，致力于将巴傲得生物打造成中国乃至世界一流的生物技术产品供应商。巴傲得生物长期备有Bioworld抗体现货4000多种抗体可以在一周左右送到客户的手里。精湛品质、合理价格、专业服务，是我们为您服务的宗旨。在细胞信号通路、免疫学、蛋白组学上拥有显著优势，其抗体产品、生长因子等为生命科学科研工作者提供了极大的便利。
上海遐锦生物科技有限公司
上海遐锦生物科技有限公司于2019年11月29日举办全国循证医学Meta分析与网状Meta研讨会2019（11月上海班）会议。
【会议日程】
多组学数据挖掘与分析研讨会日程 | |||
时间安排 | 议题 | 具体内容 | |
5日夜间 | 19:00-20:30 | 组学简介及生信概述 | 2019年国自然中组学相关项目解读 |
组学原始数据的来源及质量判断 | |||
转录组测序标准分析报告解读（含miRNA、lncRNA、circRNA及mRNA） | |||
20:30-20:45 | 休息 | ||
20:45-22:00 | 组学简介及生信概述 | 基因组测序标准分析报告解读（包括外显子测序和基因组重测序） | |
表观组测序标准分析报告解读（包括DNA甲基化和m6A RNA甲基化测序） | |||
蛋白组质谱标准分析报告解读（包括iTraq蛋白组） | |||
代谢组质谱标准分析报告解读（包括GC-MS、LC-MS、NMR质谱） | |||
6日白天 | 8:30-9:45 | 思路及文献解读 | 转录组与蛋白组整合分析思路及文献 |
蛋白组与代谢组整合分析思路及文献 | |||
基因组与转录组整合分析思路及文献 | |||
表观组与转录组整合分析思路及文献 | |||
全转录组整合分析思路及文献 | |||
三种组学及以上整合分析思路及文献 | |||
9:45-10:00 | 休息 | ||
10:00-12:00 | 组学公共数据库 | TCGA数据库：最全的癌症高通量数据库(简介)及数据下载 | |
GEO数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 | |||
EBI数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 | |||
SRA数据库测序数据查找、筛选、数据下载。 | |||
GEO2R工具使用 | |||
R简介及R包安装 | |||
12:00-13:30 | 午休 | ||
13:30-15:00 | 差异基因筛选及图片 | 计算差异基因 -R limma包 或Excel公式 | |
主成分分析（PCA)图制作 | |||
聚类热图（heatmap）的制作——R pheatmap包 或 本地 HEMi软件 | |||
火山图（volcanoPlot）——R ggplot2包 或 Excel制作 | |||
箱式图（代码 或无代码制作） | |||
15:00-15:20 | 休息 | ||
15:20-17:30 | 功能富集分析 | R clusterProfiler包富集分析 | |
基因/蛋白功能富集分析——DAVID工具 | |||
功能富集分析 柱状图、条形图、气泡图、饼状图的R代码及Excel制作 | |||
17:30-19:00 | 晚餐及休息 | ||
6日夜间 | 19:00-20:30 | 多组学数据与临床预后分析 | 在线预后分析工具——oncolnc |
在线预后分析工具——Ualcan | |||
本地生成KM曲线图——R survival包 | |||
20:30-20:45 | 茶歇 | ||
20:45-22:00 | 转录组与蛋白组整合分析 | Venn 图制作 | |
蛋白与蛋白互作关系预测——STRING工具 | |||
网络图构建与美化——cytoscape软件 | |||
转录组与蛋白组整合关联分析思路文章实现 | |||
7日白天 | 8:30-10:00 | 蛋白组与代谢组整合分析 | 代谢物功能富集分析——metaboanalyst工具 |
KEGG 数据库介绍及使用 | |||
pathway map制作 | |||
蛋白组与代谢组整合分析思路文章实现 | |||
10:00-10:20 | 茶歇 | ||
10:20-12:00 | 基因组与转录组整合分析 | 基因突变分析工具——cbioportal | |
相关性分析及散点图制作 | |||
转录因子调控靶基因分析——TRRUST | |||
基因组与转录组整合分析思路文章实现 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
13:30-14:45 | 其他组学整合分析 | 宏基因组与代谢组分析 | |
全转录组整合分析及ceRNA策略 | |||
表观组与转录组分析 | |||
14:45-15:00 | 茶歇 | ||
15:00-16:30 | 总结 | 总结 | |
通过本次研讨会，您将学会以下作图:
示例图 通路富集分析结果图
示例图 聚类热图分析
示例图 网络图
示例图 pathway map图
示例图 关键基因的KM生存曲线图
示例图 柱状图与venn图
示例图 相关性散点图
【讲师简介】
宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等城市举办过几十场培训班。
收费标准：会务费：3200元/人
优惠政策：
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.六人组团报名缴费，可免1人会务费！
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：必须携带win10以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
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