11期包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言

-会议内容-

CNS文章的生信分析怎么做？包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言

我们承诺： 1包教会，学不会一直免费学，直到您完全学懂、学会、学透彻为止

2，课后有完善的一对一指导服务，保证解决每个学员的所有问题

随到随学  线上课程两个月 每周二四六晚上三个多小时

【课程简介】

学生信一次报班从此以后再也不用东拼西凑反复报名各类培训班，

系统学生信，一次学到位，包教包会。

二个月从零基础开始，精细化讲解 将生信内容全部学懂（理解）、学会（会敲代码分析）、学透彻（站在顶层设计角度理解）、学以致用（用到自己的标书申请和文章发表中）

学不会一直学，直到学会才毕业

【课程目标】

学生信一次报班从此以后再也不用东拼西凑反复报名各类培训班，

系统学生信，一次学到位，包教包会。

两个月精细化讲解 将生信内容全部学懂（理解）、学会（会敲代码分析）、学透彻（站在顶层设计角度理解）、学以致用（用到自己的标书申请和文章发表中）

学不会一直学，直到学会才毕业

【授课老师】

华哥：中山大学博士 指导过多篇CNS文章生信分析 参与多项国自然重点、国家重大专项、孔雀计划等项目申报 有多年生信教学经验，学员遍布协和、华西、湘雅、瑞金、中山医等著名医院

【课程安排】每周二四六晚上每节课三个多小时

第一节课：r语言基础学习 包括r和rstudio的安装、环境配置、数据结构等基础内容学习

第二节课：在实战中进一步提升对r语言的学习，主要以geo的芯片数据下载、整理、分析为主。

第三节课：芯片数据分析（主要系统指导如何使用geo数据库画生存曲线，以及无进展、无疾病、多分组的的生存曲线画图，包括热图 火山图 箱线图 小提琴图 ）

第四节课：rnaseq数据分析（包括系统讲解主流的Deseq2、Edger、limma-voom三种差异分析的方法）

第五节课：基因集富集分析 gsva gsea kegg go富集 包括自定义基因集的富集分析以两篇nature子刊文章为例，系统讲解如何进行参数调整得到符合文章趋势的富集结果

第六节课：tcga 数据下载 整理 差异分析 结果画图展示

第七节课：非监督共识聚类算法系统讲解以两篇cell文章为例 通路分组的生存曲线 转录因子富集

第八节课：wgcna算法系统讲解以nature文章为例，系统讲解三种免疫浸润的算法，以及三种算法的具体应用场景和区别以及参数调整技巧

第九节课 ：单细胞数据读取以nature文章为例，创建seurat对象 质控 s4对象的数据结构的系统讲解

第十节课:继续以nature文章为例系统阐释降维、聚类等概念，细胞亚群注释三种方法

第十一节课：多个样本整合的单细胞数据分析 包括锚定和harmony两种主流的单细胞数据整合算法，同时讲解多线程运算原理和实操。

第十二节课：单细胞差异分析 metadata理解 分组添加 可视化画图 热图 气泡图

第十三节课：以nature文章为例系统auc算法计算通路活性，单细胞差异基因的富集分析 gsea 亚群的gsva  auc 转录因子预测

第十四节课：系统讲解拟时间分析 包括monocle2 和monocle3 做3d拟时间

第十五节课：系统讲解scenic算法 转录调控网络分析

第十六节课：系统讲解cellphonedb、cellchat、italk三种主流分析细胞互作的软件

第十七节课：infercnv和以cell文章为例的自定义算法的染色体拷贝数变异

第十八节课：单细胞非负矩阵 cnn降维 非共识聚类 以及单细胞的wgcna

第十九节课：以cell文章为例 系统讲解单细胞的RNA velocity应用

第二十节课：系统学习linux操作系统 chipseq全流程分析以nature文章为例 包括质控 上数据比对 、MACS2、IGV进行可视化

第二十一节课：chipseq下游的motif富集 不同处理直接的峰值overlap韦恩图 差异paek寻找 peak注释 以cell文章为例超级增强子寻找

第二十二节课：Atacpseq全流程分析包括MappingQC、多个重复样本合并、Peakcalling、bedGraphToBigWig、TSS Enrichment、bedtools计算overlap、IDR评估、可视化。

第二十三节课：WES分析、gatk使用、VCF下游分析、annovar注释 

第二十四节课：单细胞空间转录组的注释以及可视化

第二十五节课：以优秀标书为例，讲解如何将所学生信分析应用于国自然标书申请+课程大总结

【主办单位】

玮瑜科研平台（上海玮瑜生物科技有限公司）

【承办单位】

上海玮瑜生物科技有限公司

上海焦务科技服务中心

【培训时间】

2022年2月26日开始

【注册费用】

注册费用：8800元/人

可开会务、注册、检测、分析服务等发票

-主办方介绍-

玮瑜科研平台（上海玮瑜生物科技有限公司）

玮瑜科研平台（上海玮瑜生物科技有限公司）于2019年12月28日举办2019转录组测序数据分析及案例实践培训班（12月上海班）。