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单细胞测序数据分析与研究思路实战培训

单细胞测序数据分析与研究思路实战培训

2021-01-23 09:00 至 2021-01-24 18:00

线上活动  

医小白科研培训平台   

50人

报名截止

推荐会议:世界中医药学会联合会中医特色诊疗研究专业委员会第16届中医特色诊疗国际学术年会

发票类型:增值税普通发票 增值税专用发票

参会凭证:邮件/短信发送参会通知

-会议内容-

背景介绍:

单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现,彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此,单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性,发现新的细胞群和细胞亚群,并为阐明细胞状态转换的调控机理提供了技术保障。目前在公共数据库中的单细胞测序几乎都围绕常见模式生物来做。人,小鼠,斑马鱼等,涉及正常组织、血液、不同发育阶段样本,疾病类型也各种各样包括肿瘤、免疫细胞、炎症类甚至包括较难研究的神经、肌肉、骨骼等。最重要的是,这些数据一直在增加。是现今生命科学研究的焦点。

时间地点:

2021年1月23日—1月24日   腾讯课堂

课程特点:

本次课程以近期CNS文章为案例主线,逐一详细剖析,全程电脑实战教学。理论与实践相结合,老师将以最简单易懂的方式,既介绍单细胞测序的研究方法、分析内容和最新前沿进展,又介绍具体的数据库、工具和软件的使用,并在课堂上进行上机指导。讲师经验丰富,教学深入浅出,能让大家获得从单细胞组学原始数据实现CNS图形绘制的实战能力。让每一个接受培训的学员能够从中真正获益。

授课专家:

本次授课老师来自中科院系统,长期从事单细胞多组学方面的项目研究,目前已在Nature等杂志发表文章四十多篇,承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。拥有丰富的科研技术经验,具有资深的技术底蕴和专业背景。

参会对象:

医学、生物、农业等专业的各级临床医生、药学、科研单位研究人员、高校硕/博研究生、对利用单细胞测序或公共数据库进行数据挖掘感兴趣的广大师生(尤其适合初学者和无基础的学员,无需任何基础,也无需学习任何编程语言)




-主办方介绍-

医小白科研培训平台

课程安排:

课程安排

第一天上午

9:00-10:30

单细胞测序技术与应用

1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍。

2. 单细胞测序技术在科研领域的应用。

3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

单细胞测序图标解读及思路

4. 单细胞文章常见图表解读。

5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路。


12:00-13:30

午餐及午休

第一天下午

13:30-15:30

Linux及R语言入门、软件安装

1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。

2. R语言简介及安装,RStudio的安装及使用说明。

3. R语言语法介绍及常用命令。

15:30-15:45



15:45-17:00

R语言数据处理实操

4. 数据处理功能及统计应用。

5. R语言画图实操:tSNE,小提琴图,热图,网络图,GO、KEGG富集图,GSEA等图形绘制。


17:00-18:00

晚餐及休息

第一天晚上

18:00-21:00

单细胞转录组数据分析思路及流程

1. 单细胞高分文章分析思路解析(细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等)。

2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数。

3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析。

4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。

5. 基因富集分析和可视化。

第二天上午

8:45-10:30

单细胞数据可视化、细胞分型

1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。

2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。

3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

单细胞数据marker鉴定及差异分析

4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。

5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析。


12:00-13:30

午餐及午休

第二天下午

13:30-15:00

单细胞数据轨迹分析,功能富集

1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。

2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析。

3. 单细胞数据分析总结。

15:00-15:15

茶歇

15:15-17:00

单细胞数据挖掘思路及标书构思、准备

1. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路。

2. 单细胞测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。

备注:上课主要软件为R和Rstudio,涉及部分Linux系统,讲师会详细带着操作;

-会议门票-

票种名称 价格 原价 票价说明
早鸟票 ¥2600 ¥2600 发票可开:培训费、资料费、会务费、会议注册费;
普通票 ¥2800 ¥2800 发票可开:培训费、资料费、会务费、会议注册费;
团购票 ¥2500 ¥2500 发票可开:培训费、资料费、会务费、会议注册费;
会议标签:

单细胞测序

温馨提示
酒店与住宿: 异地参会客户请注意,为防止会议临时变动,建议您先与活动家客服确认参会信息,再安排出行与住宿事宜。
退款规则: 活动各项资源需提前采购,购票后不支持退款,可以换人参加。

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