2019转录组学与全基因组重测序数据分析实操班（郑州班）

第一天

9:00-12:00

Lunix系统讲解

R语言

1．常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。

2．R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。

3．R语言语法介绍及常用命令。

4．R语言画图实操，tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图等图形绘制(实操)。

13:30-17:30

转录组学数据分析在植物、动物、农学、医学等领域的应用理论讲解

1．转录组技术发展前沿动态。

2．转录组应用案例。

3．转录组分析应用热点。

第二天

9:00-12:00

转录组数据分析流程及实操

1．转录组数据准备和软件介绍。

2．转录组数据标准化。

3．转录组数据比对。

4．DESeq2进行表达量估计和分析（实操）。

13:30-17:30

转录组数据挖掘和关联分析上机实操

1. 转录组聚类分析（实操）。

2．通过ggsurvival构建生存曲线（实操）。

3．通过cox分析构建预后模型（实操）。

4．lncRNA与mRNA关联分析。

5．个性化分析方案。

第三天

9:00-12:00

基因组学学数据分析在植物、动物、农学、医学等领域的应用及上机操作

1． 基因组学生物信息学前沿技术动态

2. 基因组重测序及数据分析

3. 数据模拟（实操）

4. 数据过滤及质量评估（实操）

5． SOAP/Bwa/Bowtie 等软件的使用

13:30-17:30

单细胞测序技术应用与案例介绍、10×单细胞转录组数据分析思路及流程

1. 单细胞组学技术原理和科研应用。

2. 近年单细胞方向高分文章思路解析和案例介绍。

3. 10×官方单细胞软件Cell ranger讲解及实操。

4. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。

5. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。