分子动力学模拟LAMMPS（初级培训班第八期）

第一天

8:00--9:00   

学员报道，领取资料

9:00--11:30  

作为科学研究手段的分子模拟：历史与展望

分子模拟的优势和局限：几个案例

分子模拟的基本框架：建模（前处理）、采样（模拟）、分析（后处理）

13:30--17:00

MD基本原理：运动方程/边界/截断/长程作用/系综...

模拟数据分析基础：微观结构/热力学性质/时间相关函数

分子力场参数优化举例

lammps的编译/linux基础/任务提交/

第二天

8:30--11:30   

LAMMPS上机实战1

用LAMMPS操作完成Lennard-Jones melt，crack两个问题的分子动力学模拟，并将结果利用VMD、VOITO软件进行可视化。

学员在此阶段可以学习LAMMPS in文件的编写及可视化软件VMD、OVITO的使用，制作精美图片、动画。通过联系，学员亲自上机实践，加深对lammps关键命令的理解。

13:30--17:00

LAMMPS上机实践2

学习data文件的结构以及编写方法和注意事项，学习用VMD、packmol、Moltemplate、MS软件、topotool命令来建立涉及水、碳管、石墨烯、高分子链、复合系统等的初始构型，并导出lammps能用的data文件的方法。

通过具体的练习，亲自操作，加深学员对于这些软件、方法的掌握。

第三天

8:30--11:30   

LAMMPS上机实践3

利用LAMMPS完成melt, crack问题的研究，并分析模拟所得结果。运用lammps对系统施加不同力学载荷、模拟磁场、电场以及控温、控压等操作的实现；学习用lammps输出分析所需要的系统不同层次的信息的方法；

进一步讲解VMD、OVITO在模拟结果分析中的作用。通过具体的练习来加深学员对LAMMPS施加不同载荷的命令的理解。

13:30--17:00

LAMMPS上机实践4

全原子分子动力学模拟、粗粒化分子动力学模拟实例讲解。通过多个实例的演示学习，加强学员对LAMMPS模拟中主要文件的编写、系统平衡、时间步长选择、出错调试等等一系列重要问题的认识。

答疑解惑，互相讨论。