会议详情 |
发票类型:增值税专用发票 增值税普通发票
参会凭证:现场凭电话姓名参会 报名联系唐老师:18618288284
关于举办“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”线上+线下暑期实战培训的通知
各有关单位:
分子动力学模拟软件GROMACS的应用广泛、功能强大、用户友好,能够满足几乎所有常见的原子体系模拟需要,而且免费开源。采用GROMACS进行分子动力学计算分析从而指导进一步的实验工作,预测理论结果。不论你从事计算化学,生物医学或其他领域研究, 理解并实践分子模拟都能给你一些新的的思考方式,增强你对新问题的分析力与洞察力。
为全力做好教育系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作,确保广大师生的身体健康和生命安全,根据中央有关精神以及教育部《关于2020年春季学期延期开学的通知》,各级教育主管部门也纷纷提出将通过开展网络教学,确保“停课不停教、不停学”。应新老客户的科研需求,北京软研国际信息技术研究院特举办“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”线上+线下暑期实战培训,本次培训由互动派(北京)教育科技有限公司具体承办,具体相关事宜通知如下:
一、培训特色:
本次暑期课程共计4天,2天在线教学及2天线下实训;小班授课,对知识进行由浅入深,层层递进,系统讲解,配合案例解析边讲边练,让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作;在线学习后对学员提炼出的问题提供专业指导,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研需求;课堂上建立专属班级交流平台,学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题,巩固学习内容。
二、 时间地点:
2020年8月1日-8月2日 在线直播(授课2天)
2020年8月16日-8月17日 线上/杭州(授课2天)
备注:结合疫情发展状况及各省各高校实行的限制出入政策,若线下开班时间学员不能如期出行,则2天线下课程内容转为该时间段的线上教学,特此说明!后期本人还可再免费参加一次课程。
培训课表:
“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”暑期培训班(第十期)大纲
课 程 |
内 容 |
分子动力学模拟基础 |
1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍 1.1统计力学基本假设 1.2统计概率 1.3配分函数的定义 1.4系综简介和选择 1.5分子动力学的概念 1.6主要算法介绍:最速下降法、共轭梯度法 1.7积分步长的选取 1.8温度和压力控制 1.9周期性边界条件 1.10分子动力学模拟流程 |
GROMACS入门操作 |
2 GROMACS入门操作基础 2.1 Linux环境介绍 2.2 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令 2.3 Linux并行操作方法 2.4 OpenMP内存贡献并行介绍 2.5 MPI分布式并行介绍和环境搭建 2.6 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法,针对自己体系编译软件 2.7 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍 2.8 GROMACS基本算法介绍 2.8 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式,为以后创建自己体系做准备 OPLS为例,力场的各种参数说明 |
GROMACS建模 方法 |
3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础 3.1 Packmol,GaussView,vmd等建模软件的使用 3.2 建立各种体系模型 混合模型、界面模型、球体模型等 3.3 小分子各种力场TOP文件的建立,x2top, prodrg, ATB itp, top的结构以及参数说明 3.4 建立均相、多相体系 3.5 如何修改力场参数 |
GROMACS初级 分析工具讲解 |
3 GROMACS分析工具——掌握基本数据分析——使学员具备问题解决能力 3.6 LJ流体,甲烷,水纯物质模拟 3.7 模拟轨迹分析(trajectory,sasa,rdf,freevolume等) 3.8 生成拓扑结构和坐标文件(editconf,genconf,pdb2gmx等) 3.9 模拟能量分析(energy,enemat等) 3.10 系统动态结构分析(cluster,confrms,midist等) 3.11 空间分布性质(gyrate,msd,rdf,traj等) 3.12 分子结构分析(hbond,order,principal,spol等) 3.13 静电作用分析(dielectric,dipoles,potential等) 3.14 介面作用分析(density,densmap,h2order等) 3.15 光谱学分析(anaeig,nmeig等) |
GROMACS算例 |
4 GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程 4.1 纯相、多相混合体系模拟计算 冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等 乙醇等极性溶剂 石油化工领域等、聚合物分子等 4.2 界面模拟计算 气液界面、固液界面、油水界面 表面活性剂的界面模拟 4.3 物理场下的模拟计算 静电场、微波场、高斯脉冲场 4.4 石墨烯、纳米管的模拟 |
复杂体系建模分析(一)
|
5 伞形采样——计算结合自由能 5.1 创建一系列反应路径分子构型 5.2 提取模拟间隔质心轨迹 5.3 模拟每个构型的伞形采样 5.4 柱状图分析计算结构自由能 6 药物分子开发溶剂筛选 6.1 介绍热力学积分方法 6.2 构建药物分子模型 6.3 建模药物分子溶解在水相,油相和醇相 6.4 计算不同相态下的分配系数 6.5 快速预测药物分配系数方法 7 固/晶体建模仿真 7.1 固/晶体结构建模 7.2 插入溶剂分子 7.3 模拟系统达平衡 7.4 分析固/晶体结构变化 8 磷脂双分子层生物膜建模 8.1 磷脂分子结构建模 8.2 磷脂双分子层建模 8.3 模拟水通道(蛋白、多肽、高分子、碳纳米管等) 8.4 插入溶剂分子 8.5 模拟系统达平衡 8.6 分析溶剂分子扩散速率 9 讨论学员感兴趣的相关问题 |
复杂体系建模分析(二) |
主讲老师:
现在武汉高校任教,博士,特聘教授。长期从事分子热力学、分子模拟、化学反应动力学、材料力学性能预测等相关研究 (由于涉及到老师信息,本名不方便透露,上课时会做介绍)
报名费用:
每人¥3600元(含报名费、培训费、资料费)
优惠一:7月20日前汇款可享受200元优惠(仅限前八名);
优惠二:本人同时报多个课程,每个课程可享受300元学费优惠;
【注】1、开课前一周会务组统一通知;开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。如未收到请及时咨询!
2、暑期同时开设的相关课程:
《计算机辅助药物设计技术与应用》https://www.huodongjia.com/event-72071767.html
《COMSOL Multiphysics多物理场仿真技术与应用》 http://www.huodongjia.com/event-588160905.html
《理论计算化学基础暨Gaussian入门+进阶实战》http://www.huodongjia.com/event-741216670.html
《GROMACS分子动力学模拟暑假实战培训》https://www.huodongjia.com/event-649825254.html
相关会议
2024-12-26深圳
2025-01-10南京