2019微生物组学核心技术实战培训班（北京）

一、微生物组学研究的发展和挑战

1、微生物组研究的发展历史

2、测序平台介绍

3、基于测序的研究方法

   3.1 宏基因组（target sequencing 和全基因组）

   3.2 单个微生物de novo测序

4、应用案例分析

二、R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用

1、基础绘图工具（绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存）

2、图形案例实际操作

   2.1散点图-点线混合图、并列散点图、坐标对数话

   2.2条形图-标准条形图、推积条形图Error Bar形图

   2.3饼图

   2.4盒形图（箱线图）

   2.5频率直方图

   2.6热图

二、目标区域测序target sequencing数据分析

1、linux常用命令使用和上机操作

2、数据分析过程中的编程简介（perl、R、python等）

3、target sequencing数据分析加上机

   3.1质控

   3.2去嵌合体

   3.3 OTU聚类

   3.4 注释

   3.5统计分析：

（1）α多样性分析；       （2）β多样性分析；

（3）群落结构及丰度分析； （4）进化分析；

（5）差异分析(Lefse)；    （6）功能分析(picrust)。

三、全宏基因组Whole metagenome 和metatranscriptome数据分析

1、质控

2、拼接组装：SOAPdenovo；MetaVelvet; Meta-IDBA等

3、聚类Binning：TETRA; MetaCluster; Phymm等

4、基因注释：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator等

5、功能注释：RAMMCAP；Blast等

6、统计分析：

（1）物种分析；（2）功能分析；（3）差异分析；（4）表达分析

四、微生物de novo测序分析

1、 质控

2、 单细胞测序去污染、去嵌合体等

3、拼接组装：SPAdes等

4、基因预测

5、功能注释

6、代谢途径分析

7、进化分析：

（1）SNP；（2）插入缺失（3）水平基因转移；

8、转录组分析：

（1）基因差异表达分析；（2）代谢通路分析

五、辅助课程

（1）疑难解答、分组讨论；

（2）学后交流、微信群、QQ群建立；