2015《转录组学数据分析专题》培训

授课题目

授课内容

第一天

转录组测序与数据分析

转录组基本概况和技术发展简介

转录组技术流程及技术细节（重点讲解）

转录组应用案例

转录组数据分析实例（上机操作）

1、linux基础
掌握Linux系统下的常用命令(重点)
掌握linux环境下软件的安装使用
了解shell脚本的编写
2、转录组数据准备和软件介绍

转录组数据的比对（重点讲解）、表达量估计和分析（重点讲解）

第二天

转录组组拼接及功能注释

1、转录组序列拼接的技术方法

2、常用软件及转录组个性化组装的技巧

3、使用R语言相关的软件包对转录组学的高通量测序数据进行分析。

讲解差异表达分析，GO分析，Pathway分析，聚类分析等。

4、讲解如何绘制表达量的热图等

转录组拼接组装（上机操作）

1、转录组组装的流程介绍

2、原始测序数据的预处理

3、介绍Trinity的使用，并以测试测序数据为例进行组装

4、介绍cdhit的是使用，并以测试组装结果为例进行聚类

5、介绍寻找ORF的方法

第三天

microRNA测序与数据分析

1、microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义

2、microRNA的生物学过程（重点讲解）

3、microRNA的测序（重点讲解）

4、microRNA测序数据分析软件（重点讲解）

5、microRNA目前的挑战以及将来的研究前景

6、microRNA测序数据分析案例展示（重点讲解）

7、近期文献

microRNA数据分析实例（上机操作）

1、microRNA测序数据预处理（重点讲解）

2、测序数据长度分布计算

3、microRNA的预测（重点讲解）

4、microRNA碱基偏好性计算

5、microRNA靶标基因预测，结果提取、统计（重点讲解）