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R语言生信数据分析及可视化作图(网络)研讨会
腾讯会议网络会议室 2023年1月7-8日
会议简介:
众所周知,R软件是用来做数据分析和作图的软件。一篇高质量的文章,需要好的原始数据、逻辑的分析思路、漂亮的结果、创新的结论。其中,批量的分析操作会提高效率,美观的图片会让人眼前一亮,刮目相看的。相同的数据,做出来的图片可能大相径庭。
下图就是由同一套数据所做的差异基因的表达聚类热图,孰优孰劣一目了然。
R语言特点及优势
可以用来做生信分析及作图的数据库database、在线工具web-service、软件software有很多,其中R软件是一种适应性最广、上手最快的工具。可能有的人会有疑问,R语言是一种编程语言,我没有任何计算机的基础也适合使用R吗?
答案是可以的。原因是R软件做分析及作图,都有比较现成的R包及代码。比如转录组分析相关的R包及代码,可以用来做差异分析、火山图、热图、PCA图、WGCNA等。比如单细胞测序数据分析相关的R包及代码,可以用来做细胞分型及聚类。还有RNA甲基化分析相关的、蛋白组代谢组相关的、临床统计分析相关的R包及代码。
零基础的是怎么快速掌握呢?以一个做热图的代码为例子,虽然每个人的数据是不同的,但是只要拿到了做热图的代码,我们就可以只是简单的修改其中几个参数,就可以轻松作出热图!我们只需要记住那几个关键参数的含义及修改即可,而且,代码中还有详细的中文注释!
当然,如果是我们自学就要花费更多的时间了。所以,我们开设了这次R语言实操班。可以通过老师系统的整理各个方向的生信代码及实操,在短短的两天一晚时间系统的掌握R分析的各种实操
有很多学员也参加过医药加的其他培训班,比如单细胞、比如RNA甲基化、TCGA、多组学、非编码RNA等,它们也有一些R的操作及代码。我们这次也会系统性的对这些班中的R代码进行教学演练,希望大家带着问题解决问题。
专家简介:宋博士
成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。
会议预期:通过2天1晚的学习的手把手教学让学员掌握R软件下载安装、Rstudio用法、R语言常用作图、R语言数据处理方法与编程技术、掌握R语言自主学习实践的方法与技巧,现场解答学员在实际工作中遇到的有关技术问题,让学员更好地掌握相关技术的应用。另外,课后学员有感兴趣的图片,老师也可以提供相应的R代码。
总体思路是根据生信相关的SCI热点文章为主题,完成里面相关的分析及作图。该培训适用于对生信分析或者医学统计学分析感兴趣,编程零基础及以上的学员参加。
会议详细日程
R语言生信数据分析及可视化作图日程 | ||
课程 | 主 要 内容 | |
第一天 上午 | R语言——编程环境、数据结构、语法和练习 | R软件的历史、简介、优缺点 |
R编程形式与资源 | ||
R软件的安装 | ||
Rstudio使用技巧及安装 | ||
R语言的数据结构(元素、向量、矩阵) | ||
R语言的编程方法 | ||
一起练——R语言的编程练习 | ||
第一天 下午 | 生信参考文献解读 | 生信文献的流程解读 |
常用的生信分析流程 | ||
流程模块使用的R包及函数简介 | ||
案例展示 | ||
常用R函数 | 统计编程思想与流程 | |
数据描述性分析R实现 | ||
统计分析R实现 | ||
实战操作演练——卡方检验、回归分析、方差分析、Fisher精确检验、相关性分析等 | ||
第一天 晚上 | 常用R包(1) 转录组、蛋白组、表观组、代谢组等不同组学数据差异基因筛选及可视化 | R包的介绍——r-project 来源及 Bioconductor 来源 |
R包的安装——在线安装及本地安装方法 | ||
芯片数据预处理——标准化,归一化 | ||
差异分析——差异基因筛选,火山图 | ||
无监督聚类分析——PCA分析,聚类热图分析 | ||
第二天上午 | 常用R 包(2) 基因、蛋白相关分析 | R语言功能富集分析,包括KEGG pathway,以及GO BP, CC, MF分析,功能条形图,功能气泡图可视化 |
共表达分析——pearson法,相关性散点图 | ||
生存预后分析——KM曲线图,添加p值,HR值 | ||
样本相关性及相关性热图分析 | ||
实操 | ||
第二天下午 | 常用R包(3) 常见思路 | 单细胞测序相关分析 |
RNA甲基化相关分析 | ||
时间序列分析——多组连续样本的基因表达聚类 | ||
实操 | ||
R语言学习的方法与技巧 | 算法思想、R包及函数用法、参数说明、范例程序 | |
如何找到有用的R资源 | ||
R语言学习小窍门 | ||
互动环节与答疑 | ||
PS:必须携带电脑,最好是win10系统,苹果系统需自己安装好R和Rtudio软件。会后主办方会统一提供全程录像作为复习资料。
会务费用:3000元
优惠政策:
1. 提前报名并付款的,可以预先拿到学习资料
2. 三人组团报名,每人优惠100元
开具正规会务费发票,提供纸质盖章邀请函
时间:2023年1月7-8日(2天一夜)
第一天 白天 9:00-17:30,晚上 19:00-22:00
第二天 白天 9:00-17:30
地点:腾讯会议网络会议室
主办方:上海循掘生物科技中心
通过该培训,可以学会R语言基础(输入文件格式、输出文件格式、操作代码的参数调整)、统计学上各种算法的实现、SCI常用图片生成等,例如:
上海循掘生物科技中心于2020年2月21日举办TCGA&GEO生信高通量数据挖掘分析研讨会2020(2月深圳班)会议。
票种名称 | 价格 | 原价 | 票价说明 |
会务费 | ¥3000 | ¥ |
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