2019第5期单细胞测序数据挖掘与课题设计学习班（12月上海班）

第一天上午

8:30-11:30

单细胞测序技术与应用

1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍。

2. 单细胞测序技术在科研领域的应用。

3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析。

4. 单细胞文章常见图表解读。

5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路。

理论

第一天下午

1:30-17:00

Linux及R语言入门与实操

1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。

2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。

3. R语言语法介绍及常用命令。

4. 数据处理功能及统计应用。

5. R语言画图实操：tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。

实操

第一天晚上

18:00-21:00

单细胞转录组数据分析思路及流程

1. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等）。

2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数。

3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析。

4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。

5. 基因富集分析和可视化。

理论

第二天上午

8:30-11:30

单细胞数据可视化、细胞分型及marker鉴定

1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。

2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。

3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。

4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。

5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析。

实操

第二天下午

1:30-17:00

单细胞数据轨迹分析，功能富集

1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。

2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析。

3. 单细胞数据分析总结。

4. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路。

5. 单细胞测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。

理论+

实操