生物信息培训：实用微生物组学信息分析精品班

日期

上课时间

授课题目

授课内容

第一天

9:30-12:00

微生物组学研究概论及进展

1、微生物组研究的发展历史

2、微生物测序分析技术及实验技术原理

3、研究热点分享

13:30-17:30

经典案例分享和方案设计与文章架构设计

1、微生物组学经典文章回顾，未来微生物组学发展方向

2、已发表各类精品文章的经验总结：包括经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案

3、文章写作经验分享，包括文章架构设计、语言风格、结果呈现等写作技巧

第二天

9:00-12:00

Linux基础操作

1、Linux常用命令使用和上机操作

2、Linux环境下软件安装

16s测序分析结果解读

1、OUT分析

2、物种分类与丰度分析

3、Alpha多样性分析

4、Beta多样性分析

5、显著性差异分析

13:30-17:30

16s数据分析

（上机）

1、质控与数据拼接

2、OTU聚类

3、物种注释

4、统计分析：（1）α多样性分析；（2）β多样性分析；（3）群落结构及丰度分析；（4）进化分析；（5）差异分析(Lefse)；（6）功能分析(picrust)。

第三天

9:00-12:00

宏基因组测序分析结果解读

1、物种注释分析

2、差异物种分析

3、差异基因分析

4、功能注释分析

5、MGS分析

13:30-17:30

宏基因组数据分析（上机）

1、质控

2、拼接组装

3、聚类Binning：TETRA; MetaCluster; Phymm等

4、基因注释：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator等

5、功能注释：RAMMCAP；Blast等

6、统计分析：（1）物种分析；（2）功能分析；（3）差异分析；（4）比较分析

第四天

9:00-12:00

R的数据处理功能及统计应用

1、R的安装、运行与使用

2、R语法介绍（R基本符号）

3、R数据处理，对R语言中常用的数据结构包括向量，数组，矩阵，列表，数据框等的介绍、使用方法及使用范围

13:30-17:30

R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用

1、基础绘图工具（绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存）

2、图形案例实际操作

2.1散点图-点线混合图、并列散点图、坐标对数话

2.2条形图-标准条形图、推积条形图Error Bar形图

2.3饼图

2.4盒形图（箱线图）

2.5频率直方图

2.6热图